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微生物组学

5R/组织微生物测序

背景简介


      研究人员在肿瘤内发现了细菌的存在,但因其生物量低,全面描述肿瘤微生物组的特征极具挑战性。肿瘤内的细菌已被发现具有肿瘤特异性,并且已有的机制研究表明,肿瘤内微生物群可能直接调节肿瘤的发生、发展,以及对化疗或免疫治疗的应答[1]2020年两项重量级的肿瘤内微生物组研究相继在NatureScience上发表,标志着研究人员可以借助高通量测序技术对肿瘤内的微生物组开展全面且深入地研究,更进一步地揭示微生物在肿瘤中的作用[2,3]

      联川生物肿瘤微生物检测项目汲取最新的研究成果和检测技术,采用5R 16S测序,即对16S rRNA基因上的五个区域进行多重PCR扩增和测序有效降低了组织中宿主DNA对细菌16S rDNA扩增的严重干扰,助力研究人员全面阐释肿瘤微生物组的特征和功能。



技术优势


覆盖区域长:测序覆盖了16S rRNA基因上的5个区域,约占全长的68%

鉴定“种”多:更长的16S rRNA基因覆盖,鉴定出更多更准的菌“种”。

检测灵敏度高:胜任低微生物量样本如肿瘤组织的菌群检测。

样本宽容度大:适用降解样本中的菌群检测。

 


技术路线


基因组DNA5R 16S扩增→扩增产物回收纯化→上机测序NovaSeqPE250→数据分析



分析内容





样本类型


组织、FFPE体液、粪便、DNA


 

 

参考文献


1. Wong-Rolle A, Wei HK, Zhao C, Jin C. Unexpected guests in the tumor microenvironment: microbiome in cancer. Protein Cell. 2021 May;12(5):426-435.

2. Poore GD, Kopylova E, Zhu Q, et al. Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach. Nature. 2020 Mar;579(7800):567-574.

3. Nejman D, Livyatan I, Fuks G, et al. The human tumor microbiome is composed of tumor type-specific intracellular bacteria. Science. 2020 May 29;368(6494):973-980. 


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