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单细胞测序(解离/抽核)

10X单细胞ATAC

10X Genomics认证单细胞测序联合实验室



背景简介


        ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,染色质易开放区域测序)是2013年由美国Stanford大学的William Greenleaf教授研发了一种全新的方法,利用DNA转座酶结合高通量测序技术,来研究染色体的可进入性。ATAC-seq的原理是,染色质易开放区域测序)利用Tn5转座酶切割染色质的开放区域,并加上测序引物进行高通量测序,通过生物信息分析鉴定转录因子结合位点和核小体区域位置,从而为研究基因调控、DNA 印记等提供有效的方法。通过研究特定状态下开放染色质,可以在DNA水平研究基因转录调控。

        传统的寻找全基因组范围内开放的染色质区域采用的方式包括ATAC-seq、MNase-seq和DNase-seq,FAIRE-seq、chip-seq等。10x Genomics Chromium Single Cell ATAC Solution(10x scATAC-seq)是10x Genomics新推出单细胞表观基因组学水平上揭示染色质可接近性的研究策略。通过单细胞染色质可接近性图谱构建,不仅能清晰了解染色质结构,还可以绘制高分辨率转录因子调控网络,为深入了解疾病的诊断和治疗铺平道路。

 


 



技术优势

 



可检测单细胞转录调控区域中的开放染色质

每个通道可容纳500-10000个细胞核

细胞核捕获率高达65%

运用10x官方软件和工具,可对单细胞基因调控网络进行精细化分析




 


  

技术路线


 


 


 


分析内容


 


   




样本类型



细胞悬液,组织、体液等(提供上门取样服务)


 




代表性文章

Buenrostro J D , Corces M R , Lareau C A . Integrated Single-Cell Analysis Maps the Continuous Regulatory Landscape of Human Hematopoietic Differentiation.[J]. Cell, 2018.

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