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转录组学

绝对定量转录组

背景简介 

 

 常规转录组测序由于文库PCR扩增偏好性,所有序列并不会被同比例放大,因而造成测序定量结果与样本转录本的原始丰度不一致,导致差异基因筛选不准确(图1)。这也是造成qPCR验证测序结果不一致主要原因。联川生物推出的绝对定量转录组测序采用主流UMI标记技术[1,2,3],通过UMI标记每一条序列,可以消除PCR扩增偏好定量干扰,真实反映样本中转录本的表达丰度(图2。在文库PCR扩增和测序过程中难免会引入错误的碱基,具有相同UMI标记的序列可以基于多序列比对来纠正PCR扩增和测序过程中引入的错误,确保获得转录本的真实序列(见图3)。

1 PCR扩增产生的duplication显著干扰准确定量

图2 UMI标记技术消除duplication干扰

图3 UMI标记技术纠正序列错误

 

 

 

 

 

 

技术优势 

 

真实定量采用UMI标记技术,每一条序列都被唯一标识,保留序列真重复,去除PCR扩增假重复真实反映样本中转录本的表达丰度。

真实序列:具有相同UMI标记的序列可以基于多序列比对来纠正PCR扩增和测序过程中引入的错误, 确保获得转录本的真实序列。

 

 

 

   

 

 

 技术路线 

 

 

 

 

 

 

   

 

分析内容 

 

 

 

 

 

 

样本类型 

 

细胞,组织,全血,血清,血浆,总RNA等

 

建议总RNA起始量:2 μg,最低1 μg,浓度≥50 ng/μL


 

 

 

 

参考文献

 

 

1.Shiroguchi K, et al. Digital RNA sequencing minimizes sequence-dependent bias and amplification noise with optimized single-molecule barcodes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Jan 24;109(4):1347-52.

2.Kivioja T, et al. Counting absolute numbers of molecules using unique molecular identifiers. Nat Methods. 2011, 9(1):72-4

3.Saiful Islam, et al. Quantitative single-cell RNA-seq with unique molecular identifiers. Nature Methods 2014, 11:163-166.


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