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基因组学

遗传图谱

背景简介


        遗传图谱也叫连锁遗传图谱(Genetic linkage map),是指基因或DNA分子标记在染色体水平上的相对位置与遗传距离,通常以基因或DNA片段在染色体交换过程中的重组频率来描述,单位为厘摩尔(cM)。例如两个基因或两个分子标记之间的遗传距离为0.8cM表示减数分裂时的重组频率为0.8%。这里的遗传距离指的是相对距离而不是染色体上的物理距离。两者的遗传距离越近,发生重组的概率就会越低,反之亦然。

     数量性状是指表型呈现连续变化的性状,如株高抗病能力等容易受到多种因素的影响。控制数量性状的基因在基因组上的位置被称作数量性状基因座(Quantitative Trait Locus, QTL)。

     寻找QTL在染色体上的位置并估计其遗传效应,称作QTL作图(QTL mapping)。构建图谱需要有大量的分子标记作为辅助,传统的分子标记包括RFLP、SSR等。但是用这些标记去定位区间存在标记密度过低,构建费时费力等问题,逐渐被SNP标记给替代。利用全基因组重测序或简化基因组测序的方法得到高密度的SNP标记定位QTL已经成为主流。



 


应用领域




QTL定位

通过表型性状与标记间的关联分析来确定各个

数量性状位点在染色体上的位置、效应及各个

QTL间的 相互作用



 


辅助基因组组装:

通过带有序列信息的遗传图谱,将组装的scaffold

行进一步的链接,并定位到染色体上,以获得基

组精细图谱



 

分子标记辅助育种:

获得与性状紧密连锁的标记,根据标记序列设计

引物,直接应用于群体中的状筛查




较基因组学研究:

利用高密度遗传图谱上标记的宏观共线性,揭示

不同物种间染色体或片段上的共线性,分析相关

物种基因组结构和进化历程




  



方案设计

 




 


分析内容


 





样本类型和测序方案


取样类型:具有重要性状的亲本,杂交或自交能产生后代。

子代群体包括暂时分离群体F1、F2和永久分离群体RIL、NIL等

作图群体:父本母本各一个,子代数量150个起。随机挑选作图群体。

测序深度:亲本20-30X,子代3-5X


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