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转录组学

转录组测序

背景

        狭义的转录组默认只包含mRNA,但是广义的转录组指的是细胞或组织中所有转录产物的集合,其中包含mRNA和非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)。非编码RNA目前的研究多集中在具有调控功能的small RNA(以miRNA为代表),长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circular RNA, circRNA)上,而这几类ncRNA的调控对象都和mRNA有关。因此,全转录组即包含了ncRNAs和mRNA。全转录组测序即对以上四种ncRNA进行测序,并分析这四者之间复杂的相互作用关系。


 

技术优势

文库优化:针对不同长度序列采用两种文库构建方法,去核糖体链特异性文库可获得mRNA、lncRNA和circRNA信息。

数据全面:全转录组测序可获取4类主要RNA(miRNA,mRNA,lncRNA,circRNA)数据,可对这些数据进行标准分析及整合分析

关联全面:通过对mRNA /miRNA/lncRNA/circRN序列测定及后续分析,深入开展全转录组调控网络(ceRNA网络)分析





 



技术路线


 





 


分析内容


 






样本类型


细胞,组织,体液、血清、血浆、全血,总RNA等

建议总RNA起始量:>15 μg,浓度≥200 ng/μL





近期用户文章

1. Sun JC, et al. (2016) A computationally constructed ceRNA interaction network based on a comparison of the SHEE and SHEEC cell lines. Cell Mol Biol Lett 21 (1) :21.

2. Wang Wei, et al. (2017) Identification of miRNA, lncRNA and mRNA-associated ceRNA networks and potential biomarker for MELAS with mitochondrial DNA A3243G mutation. Scientific Reports 7 :41639.



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