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微生物组学

微生物多样性(16s/ITS)

背景


        扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。16S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩 16S/ITS的目标区域,通过检测目标区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。16S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。



 

技术优势


鉴定到“种”:菌群多样性鉴定率先精细到“种”,分类更明确。

数据库丰富:基于最新版Greengene和自建数据库,和自主开发的分析注释工具,最多可鉴定4414个种,

覆盖2106个属,可鉴定菌种持续更新中。

低成本:相比于传统菌落鉴定,分析通量更高,检测成本更低。





 



技术路线


 




 

 


分析内容


 





样本类型


菌体,DNA等

建议总DNA起始量:>20ng(较纯DNA,无宿主及其他杂质污染)




近期用户文章

1. Gao, S., et al.(2015)Tolerance response to in situ ammonia stress in a pilot-scale anaerobic digestion reactor for alleviating ammonia inhibition. Bioresource Technology 198:372.

2. Gou, H., et al. (2016) Assessment of microbial communities in PM1 and PM10 of Urumqi during winter." Environmental Pollution 214: 202-210.

3. Huang, Y., B. Yang, and W. Li. (2016) Defining the normal core microbiome of conjunctival microbial communities. Clinical Microbiology & Infection 22.7: 643.e7-643.e12.

4. Lv, Long‐Xian, et al. (2016) Alterations and correlations of the gut microbiome, metabolism and immunity in patients with primary biliary cirrhosis. Environmental Microbiology 18.7:2272.

5. Hu, Jinxiang, et al. (2016) Pepino (Solanum muricatum) planting increased diversity and abundance of bacterial communities in karst area. Scientific Reports 6:21938.

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